Το Ανάκτορο του Νέστορος ανακάλυψε και ανέσκαψε ο Αμερικανός αρχαιολόγος C.W.Blegen σε συνεργασία με τον Έλληνα αρχαιολόγο Κ.Κουρουνιώτη, το 1939. Ίχνη ανθρώπινης δραστηριότητας στον λόφο του Άνω Εγκλιανού μαρτυρούνται ήδη από την Ύστερη Νεολιθική εποχή (4000-3100 π.Χ.). Κατά την Μεσοελλαδική Εποχή (2050-1680 π.Χ.) δημιουργήθηκε οικισμός με οχυρωματικό περίβολο. Το ανακτορικό συγκρότημα αποτελείτο από τέσσερα κτίρια. Το παλαιότερο, γνωστό ως Νοτιοδυτικό κτίριο, ταυτίζεται με το Ανάκτορο του Νηλέως, πατέρα του Νέστορος. Το κεντρικό κτίριο, που σήμερα καλύπτεται από μεταλλικό στέγαστρο, είναι το φημισμένο ανάκτορο του Νέστορος, ενώ στα ανατολικά του βρίσκεται το πρωιμότερο ανακτορικό κτίριο, το οποίο ισοπεδόθηκε στο τέλος του 14ου αι. π.Χ.
Το ανάκτορο του Νέστορος ήταν διώροφο με μεγάλες αυλές, πολλούς αποθηκευτικούς χώρους, ιδιωτικά διαμερίσματα, εργαστήρια, λουτρά, κλιμακοστάσια, φωταγωγούς καθώς και αποχετευτικό σύστημα. Τις αίθουσές του διακοσμούσαν εντυπωσιακές τοιχογραφίες, ενώ ζωγραφικές παραστάσεις έφεραν και τα δάπεδά του. Οι περίπου 1000 πήλινες πινακίδες Γραμμικής Β’ Γραφής που έφεραν στο φως οι ανασκαφές, επιβεβαιώνουν τη λειτουργία του χώρου ως οικονομικού, διοικητικού, πολιτικού και θρησκευτικού κέντρου της Μυκηναϊκής Μεσσηνίας.
Η ακρόπολη του Άνω Εγκλιανού δεν ήταν οχυρωμένη, σε αντίθεση με τις άλλες γνωστές μυκηναϊκές ακροπόλεις της ηπειρωτικής Ελλάδας, που περιβάλλονταν από ισχυρά κυκλώπεια τείχη. Το ανακτορικό συγκρότημα καταστράφηκε από μεγάλη πυρκαγιά περί το 1200 π.Χ., σε μια περίοδο που χαρακτηρίζεται από γενικότερες λαϊκές αναστατώσεις και εξεγέρσεις στις έδρες των μυκηναϊκών βασιλείων. Δύο βασιλικοί θολωτοί τάφοι βρέθηκαν στην γύρω περιοχή, εκ των οποίων ο ένας αναστηλώθηκε το 1957 από την Αρχαιολογική Υπηρεσία.